Stripe Checkout は、Stripe の prebuilt checkout です。
一般には Stripe-hosted な決済画面を指して使われがちですが、現在の Stripe 公式では Checkout Sessions API を使った hosted / embedded の checkout が整理されています。
PCI 範囲を抑えつつ最短で導入したい場合に向きます。ブランド一体の UI や細かいフォーム制御が主目的なら Payment Element との比較が定番です。